В 2009 году был создан проект с целью сохранения и консервации уникального затопленного храма-маяка в Крохине. Начата работа по созданию музея незатопленных историй Белого озера.

В 1953 году началось постепенное упразднение сёл Белого озера и переселение местных жителей. В это же время было принято решение использовать Крохинскую церковь в качестве маяка зоны затопления. В годы эксплуатации храма-маяка её защищали от волн насыпной земляной грядой. Однако спустя десять лет русло спрямили, а трудоёмкий в обслуживании маяк заменили современными бакенами. Здание храма перестали защищать от волн и льда, и под воздействием водной стихии он стал разрушаться, а вместе с ним разрушалась и память о затопленных сёлах Белого озера.

В 1940 году принято решение о строительстве Волго-Балта, призванного соединить Волгу с Балтийским морем. Для осуществления намеченного плана по строительству водного канала были выселены и затоплены более 700 населенных пунктов, в том числе и село Крохино. Начавшаяся Великая Отечественная война ненадолго приостановила „стройку века“. Возобновились работы по сооружению Волго-Балта в 1947 году.

В 1937 году по постановлению исполнительного комитета Белозерского районного Совета Депутатов трудящихся Христорождественская церковь была закрыта и более не использовалась по прямому назначению. Здание храма использовалось как клуб, сельскохозяйственная мастерская и затем как склад колхоза „Строитель коммунизма“.

В 1909 году русский фотограф, химик и изобретатель, Сергей Михайлович Прокудин-Горский совершает путешествие по водному пути Мариинского канала, благодаря чему до сегодняшнего дня сохранились уникальные фотография деревни Каргулино, села Крохино и главной архитектурной доминанты — Христорождественской церкви.

В 1819 году создается Комиссия Белозерского канала. Понимание того, что судоходство через Белое озеро может быть очень опасным заставляет искать новые решения. Так, в шторме на Белом озере в августе 1832 года погибли 62 судна. 1846 год ознаменовал собой открытие Мариинского обводного канала, что сыграло значительную роль в судьбе Крохина. Канал — панацея для судоходства — нанес сильный удар по благополучию посада.

В 1764 году Усть-Шехонский монастырь был упразднен. На его месте в д. Каргулино сохранилась построенная в 1757 году каменная церковь Живоначальной Троицы. В Крохине на месте летнего и зимнего деревянных храмов усердием прихожан в 1788 году начинается строительство двухэтажной каменной церкви во Имя Рождества Христова. На тот момент в Крохинском посаде также существовала деревянная часовня Св. Василия Великого, а вскоре была заложена ещё одна каменная кладбищенская церковь Преображения господня.

Особый расцвет Крохина приходится на период с XVI по XVIII века. В это время отмечается общее процветание региона, вызванное ростом торговли. В селе сооружается значительная судоходная пристань, где корабли могли останавливаться в ожидании благоприятных погодных условий для пересечения Белого озера. В 1777 году, по указу императрицы Екатерины II, Крохино получает статус посада — безуездного города, а его жители — городские права.

В связи с изменившимися экономическими условиями Белоозеро приходит в постепенный упадок, и к XV веку на этой территории вместо огромного города остается небольшое поселение. В его окрестностях сохраняются отдельные деревни, среди которых упоминается и Крохинская, переданная, по жалованной грамоте Ивана Андреевича, в 1435 году Ферапонтовому монастырю.

Расцвет древнего города Белоозеро приходится на XII-XIII вв. В этот же период, в 1251 году в устье реки Шексны был основан Троицкий Усть-Шехонский монастырь.

В X веке на р. Шексне, у ее истока из Белого озера, возникает город Белоозеро — эта информация подтверждается археологическими раскопками на территории древнего городища. Однако, согласно легенде, дошедшей до нас как „Сказание о призвании варягов“, именно княжеский престол Белоозера занял брат Рюрика — Синеус в 862 году.

На берегах Белого озера появляются первые стоянки людей. Находки археологических экспедиций подтверждают: здесь находились мезолитические стоянки, поселения и могильники эпохи неолита и энеолита, а также значительные поселения раннего железного века.